著作：
《新世纪的思想地图》，天津人民出版社，2002
《中国知识分子十论》，复旦大学出版社，2003
《回归公共空间》，江苏人民出版社，2006
主编：
《公共性与公共知识分子》，江苏人民出版社，2003
《共和、社群与公民》，江苏人民出版社，2004
《全球正义与文明对话》，江苏人民出版社，2004
《帝国、都市与现代性》，江苏人民出版社，2005
编选：
《二十世纪中国思想史论》，东方出版中心，2000
《思想与时代》，上海文艺出版社，2002
《杜亚泉文存》，上海教育出版社，2003
《天地之间：林同济文集》，复旦大学出版社，2004
《丽娃河畔论思想：华东师大思与文讲座演讲集》，华东师大出版社2005
《20世纪中国知识分子史论》，新星出版社，2005
文论：
《上半个世纪的自由主义》，《读书》，2000年，第1期，
《一代豪杰“傅大炮”》，《万象》，2000年第2期
《二种危机与三种思潮：二十世纪的中国思想史》，《战略与管理》，2000年1期
《误入宦途叶公超》，《万象》，2000年5期
《瓷器店中的猛牛》，《读书》，2000年8期
《寻求自由与公道的社会秩序》，《开放时代》，2000年1期
《两难困境中的殖民历史遗产》，《明报》，
《文化大都市之梦》，《明报》，2000年3月11、12日
《再现整体性理论》，《明报月刊》，2000年6月号
The Fate of an Enlightenment--Twenty Years in The Chinese Intellectual Sphere , East Asian History, No20, December2000, Institute of Advanced Studies of Australian National University , Australia
《当代中国的两种自由》，《二十一世纪》，2001年12月号
《合法与正义之间》，《东亚论文》，新加坡，31期，2001年
《我的精神摇篮：回忆大学时代》，《我的大学时代》，福建教育出版社，2001
《中国知识分子死亡了吗》，《中国大学学术演讲录》，广西师大出版社，2001
《在自由与公正之间—现代中国的自由主义思潮》，《思想与文化》第一期，2001
《两种民主的反思:共和主义与自由主义》，《战略与管理》，2001年第6期
In Search of a “
《众意还是公意？》，《天涯》，2002年第3期
《自由主义民主与共和主义民主》，《中国大学学术演讲录》，广西师大出版社，2002
《9-11周年祭：诺亚方舟驶向何方》，《社会科学报》，
《世俗社会的宗教神经》，香港《二十一世纪》，2002年10月号
《9-11事件与全球正义》，《东方文化》2002年第6期
《营造怎样的都市形象？》，《书城》，2003年2期
《当前学界的回顾与展望》，《开放时代》，2003年1期
《近代中国的公共领域：形态、功能与自我理解》，《史林》，2003年2期
《全球正义秩序如何可能》，《中国大学讲演录》，广西师大出版社，2003
《非典时刻的反思》，《中国青年报》，
《从民族认同和公民意识的角度认识青年》，《中国青年研究》，2003年9期
《紧张而丰富的心灵：林同济思想研究》，《历史研究》，2003年4期
《重建知识与人格的立足点：徐复观的知识分子论》，《学术月刊》，2003年8期
《置身于中国近现代思想史的知识分子研究》，《学术月刊》2003年8期
《从非典危机反思民族、社群和公民意识》，《天涯》，2003年4期
《从特殊走向普遍：专业化时代的公共知识分子如何可能》，《知识分子论丛》第一辑
《上海文化的反思》，《中国青年报》，
《论深度自由》，《文化中国》2003年2期
《从国民共同体到民族共同体：现代中国的自由民族主义思潮》，《人文社会科学与当代中国》，上海人民出版社，2003
《最后的士大夫，最后的豪杰》，《二十一世纪》2004年2月号
《近代中国城市的公共领域》，《中国的现代性与城市知识分子》，上海古籍出版社，2004
Quelles possibilities pour les intellectuals engages，(法国)Perspectives chinoise（神州展望） No81,2004
《都市空间视野中的知识分子研究》，《天津社会科学》，2004年3期
《转型中的思想分化》，《史学月刊》，2004年7期
《两种自由与民主：对自由主义与新左派论战的反思》，《思想文选2004》，广西师大出版社，2004
《公共正义的基础》，《共和、社群与公民》，江苏人民出版社，2004
《全球正义的伦理基础》，《全球正义与文明对话》，江苏人民出版社，2004
The Fate of an Enlightenment--Twenty Years in The Chinese Intellectual Sphere，hinese Intellectuals between State and Market,Routledge Press,London and New York,2004
《学术期刊的单位化、行政化和非专业化》，《文汇报》，2004.12.12
《现代中国的公共空间及公共知识人研究现状》，《公共的良知人》日本，154期，2004
《现代中国的自由民族主义思潮》，《社会科学》2005年1期
《政治美德与国民共同体：梁启超自由民族主义思想研究》，《天津社会科学》，2005年第1期
《在现代性与民族性之间：
《“断裂社会”中的近代知识人》，《光明日报》，2005.3.22
《知识的生产是如何再度国家化的？》，《中国书评》2005年第一期
《近代上海消费主义意识形态之建构》，《学术月刊》，2005年第4期
《我改变不了这个世界，但可以改变我的课堂》，《历史教学》，2005年第5期
《启蒙思想的内在歧路》，《书城》，2005年第5、7期
《两个美国与政治自由主义的困境》，《读书》，2005年第6期
《启蒙的自我瓦解：1990年代以来的中国思想界》，《21世纪》，2005年4月号
《现代中国思想的内在复杂性》，《新哲学》，第4辑，2005
《北大改革与商议性民主》，《学海》，2005年5期
《现代中国的民族国家认同》，《世界经济与政治论坛》2005年6期
《科举废除与“断裂社会” 》，《文汇报》2005.12.25
《在现代性与民族性之间》，《台湾东亚文明研究学刊》，2卷2期，2005