这种摸索前行是一种勇敢的逾越，对理性的逾越。为此，福柯对多种多样的理性形式、与理性相关的种种观念作了历史的清算。考古学和谱系学正是他独特的历史清算方式，这个尼采的当代信徒将历史的成见一一瓦解，他深入到历史的角角落落，历史不再是统治者、英雄、帝王、国家机器、战争周旋于其中的盛大舞台，相反，历史表现为支离破碎的纷乱细节。福柯勾勒了诗人、疯癫、小偷、流浪汉、倒错、反常、罪行、越轨者的曲折而隐秘的历史，在这种历史中，总是蕴涵着无穷无尽的争斗，历史不再是一种纯粹的时间线索，它还表现为一种权力四处出没的空间，权力正是围绕着疯癫、罪行、倒错组织了各种各样的禁闭和生产形式，组织了各种各样的知识和真理形式。医院、精神病院、监狱、工厂、家庭在福柯的历史考古中纷纷露出了狰狞的面目，它们不是保护性的，而是控制性的；不是人道的，而是暴力的；不是平息骚扰，而是激发骚扰，不是平静的治理，而是权力的游戏。福柯对于历史中的常识、成见进行了无休止的反复敲打，谱系学不是一种故意的历史颠倒，而是将权力和利益的纷争视作历史的基本动机。这样，历史中不再存在着某种不容质疑的真理和本质，历史不过是一场相对主义嬉戏。福柯就这样将哲学主题引入到历史中，他既改变了一般哲学的面貌，也改变了一般史学的面貌，哲学不再是抽象的理论探讨，它发生在活生生的历史中，而不是发生在枯燥的概念演绎中，这是一种全新的哲学，是摆脱了哲学史的哲学，摆脱了哲学家恐怖的哲学，同样，这也不是抱有还原信念的史学，历史不再是顺势而下的江河，在福柯看来，理性和理性的他者的冲突就是历史的旋律。既然不再存在着标准的真理，为什么历史要动用全部的力量来压制那些叛逆和越轨呢？
为此，福柯的写作充满着激烈的申诉，他既是高亢的，也是绚丽的，既是热烈的，也是偏执的；但是他那烂漫的申诉散文并没有因为激情而失去分析的力量，福柯的哲学天衣无缝地将抒情和分析融合起来，他既是澎湃的诗人，也是严谨的智士。福柯的分析，他对对象的层层盘剥、出其不意的叩问、阴郁有力的描述，永远都是对常识的动摇，这几乎没有丝毫的陈词滥调，相反，他总是以一种奇特的目光把人们引向理性的断裂边界。福柯的分析表现出一种神秘的穿透力，它不可思议地将对象置于死地，这是一种真正的艺术，是一种令人着迷的才华。这确实是最伟大的现代哲学，它不仅构成一种美学，而且还产生巨大的震撼。福柯所特有的抒情性，总是贯穿于他那独到的分析中，它是分析的强化，它将分析缓缓地推到了力量的颠峰，分析因为夹带着抒情，它就不是逻辑式的数学推论，但是，抒情决不是放纵，而是恰到好处的节奏控制。这样的哲学没有流露出丝毫的枯燥，没有流露出净寂主义的冷漠；相反，它既是生动的，又是有力的；既是愤慨的，又是抗争的；既是忧郁的，也是欢乐的；这是哲学，同样地，它也是诗篇。
这是一种令人激动的哲学，贯穿于这种哲学始终的是权力问题和主体问题。福柯堪称是最重要的权力理论家，起初，他将权力视作是否定、压制、禁闭性的，权力是一种让人窒息、让人收缩、让人丧尽自由的东西。在疯癫的历史中，权力就扮演了这样一种暴君角色，这样一种权力论在本质上同国家模式、集权模式、统治模式的权力观没有太大的差别，差别只是在于，福柯的权力更具有弥散性、更小型化、更隐蔽，它的实施对象更边缘化，权力和它捕捉的对象处于一般历史之外，这是一种无处不在的禁闭权力。后来，福柯采用了尼采的权力观，他不再将权力视作否定性的，而是将权力确定为积极、主动、生产性的，权力锻造和铸就了它的对象。福柯也不再将权力视作是某个组织、集体或者个人的所有物，权力没有中心点，没有主体，没有机构，它不是单向性的，它永远存在于关系之中，它是这些关系的依靠、较量、连接、分裂、争斗，权力来自四面八方，它无处不在，正是权力的结合或者纷争才构成了巨大、复杂而纷繁的形式本身，社会机制正是权力的战略形式，而身体和性，这些自然而然的东西，在福柯看来，都是权力的效应。
在这种无所不在的权力关系中，主体占据着什么样的位置呢？如果权力是否定性的，主体当然就是被排斥的，这样一种权力将主体划分为几种类型：理性的和疯癫的，同性恋和异性恋的，罪犯和守法者，等等。不过，福柯很快就放弃了这种权力对主体的划分，在《词与物》和《知识考古学》中，福柯不是借助压制性的权力来宣布主体死亡的，他将人的死亡同语言存在的兴起联系起来，同人文科学、知识的彼消此长联系起来，语言的地平线湮没了人的痕迹。人，福柯耸人听闻地宣称，不过是历史的某个特定时期的知识发明。既然它的出现是偶然的，那么，它的消失就是必然的。在此，主体是一种知识俘获的对象，是一种科学的对象。但是，福柯不久不再在知识、语言、话语，也即是说，不再在考古学的限度内谈论人和主体，他从谱系学的角度谈论主体，从权力的生产性的角度谈论主体，福柯关注的问题是，权力是以怎样的方式造就了形形色色的主体形式的。这时，这个主体完全受制于权力的锻造，屈从于匿名的权力，它无时无刻不在被监禁和造就，它只能是“驯顺的身体”，最终，主体不过是支配肉体的权力技术学的效应。
但是，倘若真的陷入这种无处不在的微观权力的部署中，真的对权力无所适从，真的被锁进铁板一块毫不松动的统治性中，我们能够产生一种风格化的自我吗？这使福柯陷入了一场危机，福柯回到了希腊－罗马古风，这种回归不是对现时的逃避，同样也不是要求现时搬回那些历史尘埃中的伦理大任，相反，历史总是现时的某种启示、某种谱系：福柯对过去的回归在某种意义上是对它的远离，古人的自我风格化在当前的语境中如何产生一种迥异的存在艺术式样？福柯的自我风格化主题既贯彻于他最后的思索中，也贯彻于他的实践中。自我风格化，或者说，存在美学，所要奉行的惟一原则，就是解除超验性原则，也就是解除真理的符咒。这或许是福柯终生的主题，它不过在福柯的最后岁月越来越清晰而强烈地浮现出来。福柯此时想到的不是希腊－罗马的贵族，而是波德莱尔式的花花公子，这些花花公子正是要全力以赴地将生活变成艺术，这是一种存在伦理学，生活不再以超验性真理为目标，它是一种可能性的探究，是一种不倦的修行，无止境的摸索，自我的反复批判，这不是面对着某个顶点一步步拾级而上，这是一种非求真性的跳跃，是自我控制的技艺，是非理性的美学，最终，这是尼采式的舞蹈。